Progressive Alignment of Genomic Signals by Multiple Dynamic Time Warping

This paper presents the utilization of progressive alignment principle for positional adjustment of a set of genomic signals with different lengths. The new method of multiple alignment of signals based on dynamic time warping is tested for the purpose of evaluating the similarity of different length genes in phylogenetic studies. Two sets of phylogenetic markers were used to demonstrate the effectiveness of the evaluation of intraspecies and interspecies genetic variability. The part of the proposed method is modification of pairwise alignment of two signals by dynamic time warping with using correlation in a sliding window. The correlation based dynamic time warping allows more accurate alignment dependent on local homologies in sequences without the need of scoring matrix or evolutionary models, because mutual similarities of residues are included in the numerical code of signals

Celý článek

Číslicové zpracování genomických signálů

Sledujte nás

Na sociálních sítích pravidelně informujeme o našich vzdělávacích aktivitách. Nezapomínáme ani na žhavé novinky z oboru či zajímavé pracovní pozice v biomedicíně.

Podpora talentů

Podporujeme nadané studenty a začínající vědce. Zapojit se můžete i vy. Ať už finančním darem či podporou vzdělávacích aktivit v oblasti přírodních věd a biomedicínského inženýrství.